Mesquer est située sur le littoral de l'Océan Atlantique, dans la presqu'île guérandaise, non loin de l'embouchure de la Vilaine. La baie ostréicole et mytilicole que forme le traict de Mesquer (Traict de Merquel, Traict du Rosay, Traict de Rostu, qui se prolonge par l'étier de Pont-d'Arm1 ou Pont-d'Armes) et qui borde le littoral nord de la commune constitue la limite septentrionale de la côte d'Amour.

La ville, en sus du bourg, sis dans les terres comme de nombreuses communes du bord de mer en bretagne, comprend les hameaux ou lieux-dits de Fontaine Braz, Kerro, Kerroué, Quimiac, Keralmen, Kercabellec, kerdandec, Kerguilloté, Rostu, et l'ile de Mainguen.

Les communes limitrophes sont La Turballe, Piriac-sur-Mer, Saint-Molf et Assérac.

Mesquer est à 8 km au nord de Guérande et 25 km au nord-ouest de Saint-Nazaire.

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