Les îles Farallon, en anglais : Farallon Islands, sont un archipel de Californie, à 44 km à l'ouest-sud-ouest de la ville de San Francisco, dont elles dépendent administrativement.

Il s'agit des derniers vestiges d'une plaque tectonique disparue la plaque Farallon.

Les Amérindiens devaient probablement connaître l'existence de ces îles bien avant l'arrivée des Européens mais il ne semble pas qu'ils y aient mis le pied. Le premier Européen à en faire mention est Sir Francis Drake le 24 juillet 1579. Il y accoste pour fournir son navire en œufs d'oiseaux et viande de phoque. Il nomme alors cet archipel « îles de Saint James », nom qui ne subsistera que pour un paquet de rochers dans les Farralon du Nord. Il est probable qu'un autre explorateur, Juan Rodriguez de Cabrillo, les ait vues avant mais personne avant Drake n'en a laissé de trace écrite.

Le nom de Farallones, terme espagnol pour « rochers », est finalement donné par Sebastián Vizcaíno qui les cartographie pour la première fois en 1603.

Les rochers, avec l’Archipel du Nord, non compris dans le Traité de Guadeloupe Hidalgo, signé le 2 février 1848 et par lequel le Mexique cède un immense territoire aux États-Unis d'Amérique, représentent une potentielle dispute territoriale entre les deux pays.

En raison de la proximité des colonies de pinnipèdes, les eaux de cette zone, réputées pour être fréquentées par le Grand requin blanc (Carcharodon carcharias), accueillent régulièrement des scientifiques qui réalisent des études sur le comportement et la biologie alimentaire de ce squale. Certaines des images du film Océans de Jacques Perrin y ont été tournées.

Entre 1946 et 1970, l'archipel des Farallon a servi de décharge nucléaire pour l'US Navy. On estime que 48 000 futs de déchets faiblement radioactifs ont été immergés au large des îles. En mars 2015, l'épave du porte-avions USS Independence est redécouverte dans la région ; les mesures faites à proximité de l'épave ne montrent pas de contamination nucléaire, malgré un chargement de futs de déchets lors de son torpillage volontaire en 1951.