La basilique Saint-François à Assise, en Ombrie (Italie), est un édifice religieux où se superposent deux espaces d'assemblée: l'un est dit « église inférieure », bâtie dans la roche d'un flanc (Collis Inferni) du mont Subiaso entre 1228 et 1230, et l'autre dit « église supérieure », construite au-dessus (Colle del Paradiso) entre 1230 et 1253, dans le style gothique. Le campanile est de style roman. Les deux églises réunies sous le même nom de basilique sont inscrites depuis 2000 au Patrimoine mondial de l'UNESCO.

En 1228, Grégoire IX est à Assise et procède à la canonisation de saint François en l'église Saint-Georges, où repose son corps. À la demande du pape, le frère Élie de Cortone, ministre général de l'Ordre franciscain de 1232 à 1239, entreprend bientôt la construction de la basilique où doit reposer le corps du saint, dans la crypte.

L'église inférieure inscrite dans la roche même (Collis Inferni ) étant achevée, c'est le 25 mai 1230 que le corps de saint François est transféré secrètement et si bien caché dans la crypte que ce n'est qu'en 1818 qu'il est redécouvert.

La deuxième église (Colle del Paradiso) est élevée au-dessus de la première sans interruption des travaux d'édification, jusqu'en 1253. Cette dernière comporte, dans toute la nef, les fresques de Giotto, retraçant La Vie de saint François en 28 tableaux.

En 1253, Innocent IV consacre la basilique complètement édifiée et appelée désormais Tête et Mère de l'Ordre des Frères Mineurs. Benoît XIV l'élève au rang de basilique patriarcale et de chapelle papale en 1754.

Le tremblement de terre du 26 septembre 1997 endommage la ville et particulièrement la basilique Saint-François, dont le toit de la basilique supérieure tue quatre personnes en s'effondrant. Deux années de travaux sont nécessaires pour la rendre au public et aux fidèles. Des travaux de renforcement et d'injection de résine la consolident. Les fresques de Cimabue sont rénovées et restaurées à cette occasion, mais le tremblement de terre leur a causé des dommages importants.

Outre les fresques de Giotto et de Cimabue, restaurées depuis le tremblement de Terre de 1997, on peut admirer dans les deux églises et les chapelles Sainte-Marie-Madeleine et Saint-Martin, les fresques de Pietro Lorenzetti, celles de Palmerino di Guido, celles de Puccio Capanna, et le crucifix peint de Giunta Pisano, les voûtes de Jacopo Torriti, les mosaïques et vitraux de Giovanni di Bonino, ceux d'artisans français et encore d'autres œuvres des Maîtres de Saint François (ou d'autres saints), peintres dits anonymes au xxe siècle dont le nom ne pouvaient que s'effacer, à l'époque, devant le sujet traité (comme le Maestro d'Isacco).
Celles de Simone Martini peintes de (1312-1318) représentent une série de saints : Saint Antoine de Padoue, Saint François d'Assise, Sainte Marie-Madeleine, Sainte Claire d'Assise, Saint Martin de Tours quitte l'armée de l'Empereur et Sainte Élisabeth de Hongrie.

La dédicace se fête chaque année, le 24 mai.